Der S-Bahnhof Nikolassee ist durch das prachtvolle Empfangsgebäude ein Wahrzeichen von Berlin-Nikolassee. Im bahnamtlichen Betriebsstellenverzeichnis wird der Bahnsteig der Wannseebahn mit NIW, der Bahnsteig der Wetzlarer Bahn mit NIS (nach der verlängerten Stadtbahn) bezeichnet. Es halten hier die S-Bahnlinien S1, S5 (nur in den Wochenendnächten) und S7 (nur tagsüber).
Der Bahnhof Nikolassee gehört heute zu den ruhigeren Bahnhöfen der Berliner S-Bahn. Als Umsteigebahnhof wird er nur wenig genutzt, da die Wege zwischen den Bahnsteigen recht lang sind; der Umstieg auf dem Nachbarbahnhof Wannsee ist meistens bequemer.